1か月分の定期代を通勤手当として支給している場合、欠勤があっても通勤手当を日割で控除しない旨の就業規則などの定めは問題ありません。
ただし、２０日の就業日で１９日休むなど長期間欠勤した場合の控除の取扱いについて定めておくことをおすすめします。

賃金にはノーワーク・ノーペイの原則があります。
しかし、この原則は任意規定であり、欠勤しても賃金控除しないという定めが可能です。

通勤手当も労働基準法の「賃金」にあたり、ノーワーク・ノーペイの原則が適用されますが、就業規則などで欠勤控除しない旨の定めがあればその定めにしたがうことになります。
そしてこのような取扱いは、法的には特段の問題はありません。

根拠法令・参考情報
民法 第624条（報酬の支払時期）
労働基準法 第11条