労使協定で育児休業の取得除外の対象となっている従業員から休業の申出があった場合、認める・認めないについては企業で決めることができます。
法令等で除外されている従業員以外は、法令等で認められている範囲で労使協定を締結すれば、一定の従業員を育児休業の対象から除外できます。
除外した従業員について育児休業の取得を認めることはできますが、企業と従業員代表との取り決めを従業員ごとによって判断されることは、トラブル防止の観点からおすすめしません。

根拠法令・参考情報
育児・介護休業法 第2条（定義）
育児・介護休業法 第5条（育児休業の申出）