労働基準法の最低基準を下回る契約は、その部分について無効となり、労働基準法の基準に自動的に置き換えられます。

たとえば、従業員が深夜に残業をしたときであっても、深夜の割増賃金を支払わない旨の労働条件で労働契約を結んだ場合は、その部分については労働基準法違反として無効となり、無効となった部分が労働基準法の定める基準に置き換えられることになります。

ただし、労働契約が有効に成立している場合、労働基準法を下回る部分のみ無効となるのであって、契約自体が無効となるわけではありません。

根拠法令・参考情報
労働基準法 第13条（この法律違反の契約）
労働契約法 第6条（労働契約の成立）