自宅に仕事を持ち帰り、夜間に作業する時間が労働時間に当たるかどうかは、企業の把握や黙認の有無によります。
具体的には次のとおりです。

①自宅で作業していることを企業が把握していない場合：労働時間となる
②自宅で作業していることを企業が黙認する場合：労働時間となる

労働時間に当たるかどうかの判断は、使用者の指揮命令下にあるかどうかで行われ、就業規則の定めにかかわらず、実態で判断されます。
したがって、企業が自宅での作業を指示している場合のほか、黙認する場合や、自宅で作業していることを知らなかった場合でも、労働時間に当たります。

ただし、企業が自宅への仕事の持ち帰り作業の禁止を明示し、運用を厳格に行っている場合は、労働時間とならない可能性があります。

未払い賃金の発生や長時間労働による労災リスクを抑えるためにはも、残業や休日出勤を事前許可制にして、厳格に運用することをおすすめします。

根拠法令・参考情報
三菱重工長崎造船所事件（平成12年3月9日 最高裁第一小法廷判決）