健康診断の費用は、全額、企業で負担しなければいけません。
ただし、法令等で決まっている健康診断の項目以外（がん検診など）を受けるときは、その部分については企業は負担しなくてもかまいません。

法令等で決まっている健康診断の項目は以下です。
①往歴及び業務歴の調査
②自覚症状及び他覚症状の有無の検査
③ 身長(★)、体重、腹囲(★)、視力及び聴力の検査
④ 胸部エックス線検査(★)及び喀痰検査(★)
⑤ 血圧の測定
⑥ 貧血検査（血色素量及び赤血球数）(★)
⑦ 肝機能検査（ＧＯＴ、ＧＰＴ、γ―ＧＴＰ）(★)
⑧ 血中脂質検査（ LDLコレステロール、 HDLコレステロール、血清トリグリセライド）(★)
⑨ 血糖検査(★)
⑩ 尿検査（尿中の糖及び蛋白の有無の検査）
⑪ 心電図検査(★)
(★) の項目は、医師の判断により省略が可能です。

健康診断を受ている時間の賃金や病院までの交通費等の経費は、支払わなくもよいとなっていますが、支払わないと健康診断を受けてもらえないときがあります。
そのため、賃金を支払っている企業が多いです。