休職中の従業員の賞与は、就業規則で支給条件をどのように定めているかによります。
「賞与支払日に在籍している従業員に支給する。」と規定しているときは、賞与を支払う必要があります。

しかし、賞与額を決める査定において、出勤率が査定項目にあるときや◯月~◯月分を支払う、と規定されているときは、休職期間を反映した賞与額にすることは可能です。

休職の理由が、育児休業、介護休業のときは出勤してた期間分は賞与の査定を行い支払いが必要です。支払いを行わないと不利益な取り扱いとされるので、出勤していた期間に応じて賞与を支給しなければいけません。