退職届が、合意解約の申込みにあたるか、従業員の一方的な退職の意思表示なのかという課題がありますが、どちらにしても「使用者の承諾の意思表示」があるとされれば原則として撤回はできません。

が、就業規則にきちんと記載しておくことで、分かりやすくもめ事が大きくなりません。

原則、退職届が合意解約の申込みである場合、使用者の承諾がなされれば、撤回できません。
「人事部長による退職願の受領が承諾の意思表示となりうる」とした判例があり、人事部で退職届を受領することが「使用者の承諾の意思表示」となり、以後退職の申込みを撤回できない可能性があります。
また、従業員の一方的な退職の意思表示は、使用者に到達した時点で解約告知としての効力を生じ撤回できなくなります。

退職届が合意解約の申込みか、従業員の一方的な退職の意思表示なのかを問わず、退職届を人事部で受領したことをもって退職を撤回できなくなる可能性があります。

例外的に、退職の意思表示に瑕疵がある場合には、意思表示の無効または取消しの主張が可能な場合があります。

根拠法令・参考情報
大隈鐵工所事件(昭和62年9月18日最高裁判所第三小法廷判決)
民法 第93条（心裡留保）
民法 第94条（虚偽表示）
民法 第95条（錯誤）
民法 第96条（詐欺又は強迫）