遅刻した時間と所定労働時間を超えて勤務した時間の相殺は、原則として認められません。
そのため、遅刻による不就労時間分の賃金控除と、労働の対価である賃金の支払いは、それぞれ別に計算する必要があります。

所定労働時間を超えても1日の法定労働時間である8時間を超えない部分の労働（法定内残業）は、法律上の割増賃金の支払義務はありません。
この部分には、通常の労働時間に対する賃金（100%分）を支払います。

会社によっては、就業規則の定めにより法定内残業に対しても割増賃金を支払う場合があります。
その場合でも、遅刻の時間と相殺することはできません。

なお、遅刻した日であっても、実労働時間が8時間を超えた場合は、その超えた時間に対して法定時間外労働として割増賃金（125%以上）を支払う必要があります。

根拠法令・参考情報
労働基準法 第24条（賃金の支払）
労働基準法 第37条（時間外、休日及び深夜の割増賃金）