入社した従業員が身元保証書の提出を拒むときは、原則採用の取り消しとなります。

入社時に企業に提出する書類やルールは、企業が自由に決めることができます。

入社するにあたり、決められた書類が提出できないときは、入社の条件を満たしていないことになります。したがって、採用の取り消しが可能です。
ただし、従業員にどうしても提出できない事情があるときは、企業の判断により未提出のままで入社させても差し支えありません。

トラブルを防止するために、入社に必要な書類が提出できないときの取扱いについては、就業規則に記載することをおすすめします。
あわせて、採用通知書や内定通知書などにも、書類が未提出のときの取扱いについて記載しておいてください。